در کتابخانه مدرسه فقاهت کتاب ها در گروه های مختلفی از قبیل فقه، اصول فقه، قرآنی، علوم حدیث، اخلاق، عقاید، علوم عقلی، ادیان و فرق، سیره، تاریخ و جغرافیا، ادبیات، معاجم، سیاسی، علوم جدید و مجله‌ها دسته بندی شده اند.